במשך שנים נקודות זיכוי היו ניתנות על ידי מס הכנסה רק לתושבים ישראליים שנחשבו תושבי קבע. זאת, כמובן, בהתאם למצבם המשפחתי, הבריאותי וכדומה. עובד זר, לעומת זאת, לא היה נהנה כלל מנקודות זיכוי, ונטל המס עליו היה גדול מאשר על תושב ישראלי, כמובן באופן יחסי למשכורת אותה הוא מקבל.
בשנת 2003 נקבע על ידי שלטונות המס שגם עובדים זרים זכאים לנקודות זיכוי. עובדים זרים גברים זכאים ל2.25 נקודות זיכוי, ונשים זכאיות ל2.75 נקודות זיכוי. זאת במידה ואין הם זכאים להוצאות אש"ל. חשוב לציין שהוראה זו זמנית, ולא ברור האם היא תוארך או תתבטל, שכן הדבר תלוי במדיניות הממשלה לגבי העסקת עובדים זרים בישראל.
נקודות זיכוי אלה ניתנו על בסיס החלטה שהיטל המס על העסקת עובדים זרים יעלה מ8% ל10% בשנת 2006, וירד לאחר מכן בחזרה ל8%. אותם זיכויים יינתנו רטרואקטיבית על שנים בהן העובד נחשב למועסק חוקי בישראל, אך הן יתבטלו בשנת 2007. את נקודות הזיכוי יוכל לקבל העובד בתביעה ישירה ממס הכנסה, ואין הוא חייב לתבוע זאת דרך מעסיקו.
עבור המעסיק נקודות זיכוי אלה נכנסות לשקלול הכללי אשר יעזור לו להחליט האם עדיף לו להעסיק עובד ישראלי בשכר מסוים או עובד זר, אשר כעת נהנה מזכויות דומות לזה של העובד הישראלי, עם היטל העסקה גבוה יותר מאשר בעבר. כמו כן, מעסיקים אשר חישבו כבר את הכנסת העובד ללא נקודות הזיכוי ייאלצו לערוך חישוב מחודש של ההכנסה.
במשך השנים מנסה מדינת ישראל לבצע שינויים בכל תחום העסקת העובדים הזרים, כך שעובדים חיוניים למשק יהיו מורשים ויקבלו תנאי העסקה טובים ודומים לאלו של עובדים ישראליים, בעוד שמנגד ישנו ניסיון מתמיד לצמצם את העסקת העובדים הזרים, על מנת להכניס יותר עובדים ישראלים לשוק העבודה. ההחלטה להעניק נקודות זיכוי לעובדים זרים, תוך קביעה שאין הדבר נעשה באופן מוחלט, עומד בתנאי מדיניות זו.